導(dǎo)語(yǔ)
GUIDE?╲
STRING儲(chǔ)存已知和預(yù)測(cè)的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)互作信息數(shù)據(jù)庫(kù)。
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發(fā)現(xiàn)和注釋細(xì)胞中功能蛋白的相互作用對(duì)系統(tǒng)學(xué)習(xí)和理解細(xì)胞的功能起著重要作用。近年來(lái),通過(guò)實(shí)驗(yàn)證明和計(jì)算機(jī)技術(shù)預(yù)測(cè),產(chǎn)生了大量的蛋白質(zhì)相互作用信息。
STRING作為一個(gè)全面的蛋白質(zhì)互作數(shù)據(jù)庫(kù),數(shù)據(jù)庫(kù)整合了實(shí)驗(yàn)證實(shí)的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用關(guān)系(文本挖掘)、基因組特征計(jì)算的相互作用關(guān)系和基于直系同源物種模型轉(zhuǎn)移的相互作用關(guān)系。STRING在數(shù)據(jù)庫(kù)中,所有蛋白質(zhì)相互作用的數(shù)據(jù)都被加權(quán)和整合,并且通過(guò)計(jì)算獲得的可靠值STRING網(wǎng)頁(yè)訪問(wèn)數(shù)據(jù)庫(kù)可以快速獲得我們想要的蛋白質(zhì)互作關(guān)系。
在研究中,我們可以通過(guò)分析蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)來(lái)找到網(wǎng)絡(luò)中的關(guān)鍵基因!在許多蛋白質(zhì)互作數(shù)據(jù)庫(kù)中,STRING在最新的數(shù)據(jù)庫(kù)中,覆蓋物種最多,信息最全面11.0b在版本中,它包含了來(lái)自5090個(gè)物種的3、123、056和667 蛋白質(zhì)之間的關(guān)系。
數(shù)據(jù)庫(kù)鏈接:https://www.string-db.org/
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首先進(jìn)入STRING數(shù)據(jù)庫(kù)主頁(yè),界面非常簡(jiǎn)單,點(diǎn)擊Search進(jìn)入查詢界面,輸入我們的目標(biāo)蛋白質(zhì)和相應(yīng)物種。如果輸入一個(gè)蛋白質(zhì)名稱(或序列),則輸出與蛋白質(zhì)相互作用的所有蛋白質(zhì)的相互作用圖。一次輸入多個(gè)蛋白質(zhì)名稱(或序列),只輸出這些蛋白質(zhì)之間的相互作用網(wǎng)絡(luò)圖。
使用我們的例子METTL3以基因?yàn)檩斎?,選擇物種為輸入Homo sapiens,點(diǎn)擊SEARCH。
點(diǎn)擊continue,就可以得到輸出的蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)圖了!
02節(jié)點(diǎn)和邊信息
節(jié)點(diǎn)代表一種蛋白質(zhì),蛋白質(zhì)中的螺旋代表已知的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu),如果蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)未知,圓圈是空的。節(jié)點(diǎn)之間的連接代表了兩種蛋白質(zhì)之間的相互關(guān)系evidence在線下,根據(jù)連接的不同顏色,兩種蛋白質(zhì)之間的相互關(guān)系有不同的類型,包括實(shí)驗(yàn)證實(shí)、基因同源關(guān)聯(lián)、共同表達(dá)等。
edge來(lái)源主要包括實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)、文本挖掘數(shù)據(jù)、數(shù)據(jù)庫(kù)數(shù)據(jù)、基因鄰接、基因融合、基因共表達(dá)七部分。STRING利用打分機(jī)制對(duì)不同方法得來(lái)的結(jié)果給予一定的權(quán)重,最終給出一個(gè)綜合得分。我們可以根據(jù)我們的目的不同,對(duì)這些來(lái)源進(jìn)行篩選,或者對(duì)于相關(guān)得分進(jìn)行篩選,從而得到我們所需要的蛋白質(zhì)關(guān)系對(duì)。
在獲得蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)的同時(shí),STRING它還為我們提供了蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)中的蛋白質(zhì)GO和KEGG富集分析功能。Analysis您可以查看富集分析的結(jié)果。
04聚類分析
在Clusters數(shù)據(jù)庫(kù)提供界面K-means和MCL兩種聚類方法,聚類蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)中的蛋白質(zhì),選擇一種方法,點(diǎn)擊APPLY,蛋白質(zhì)節(jié)點(diǎn)在網(wǎng)絡(luò)中的顏色代表蛋白質(zhì)的分類。
05網(wǎng)絡(luò)和精簡(jiǎn)網(wǎng)絡(luò)
如果網(wǎng)絡(luò)不夠全面或太復(fù)雜,我們可以通過(guò)它More或Less選項(xiàng)擴(kuò)展或簡(jiǎn)化當(dāng)前網(wǎng)絡(luò)。
06網(wǎng)絡(luò)的輸出
在Exports界面可以將蛋白質(zhì)作為網(wǎng)絡(luò)輸出到圖片格式(PNG),或以表格信息的格式輸出cytoscape進(jìn)一步分析等工具。
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作為最全面的蛋白質(zhì)互作數(shù)據(jù)庫(kù),STRING數(shù)據(jù)庫(kù)可以構(gòu)建蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò),預(yù)測(cè)潛在的蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò),為研究提供新的方向。在科學(xué)研究的早期階段,目標(biāo)蛋白的功能相互作用蛋白的快速獲取,特別是蛋白質(zhì),STRING能起到重要作用!