表達(dá)差異圖
大家好，歡迎來(lái)到小洋專(zhuān)欄！不知道上期。GO|KEGG你怎么學(xué)圓圖？本期，小洋將向大家介紹如何利用仙桃學(xué)術(shù)工具繪制差異圖。
基本概念
表達(dá)差異圖(非配對(duì)):用于繪制疾病組和對(duì)照組分子的表達(dá)差異。
表達(dá)差異配對(duì)圖：一種可視化配對(duì)樣本的方法。配對(duì)樣本可以有效地控制其他混合因素。有幾種類(lèi)型的配對(duì)：
① 前后配對(duì)；
② 同一受試對(duì)象，配對(duì)兩個(gè)不同部位；
③ 條件配對(duì)：根據(jù)同一特征，如同一年齡、同一性別的患者配對(duì) 1 ；
④ 配對(duì)相同樣本的兩種檢測(cè)方法。
統(tǒng)計(jì)方法：
T test,?亦稱(chēng) student t 檢驗(yàn)（Student's t test），主要用于兩組之間的比較，兩組需要滿(mǎn)足正態(tài)性的要求。
配對(duì)樣本 T 檢驗(yàn)：參數(shù)檢測(cè)方法用于檢測(cè)配對(duì)類(lèi)型。適用條件：連續(xù)變量、配對(duì)關(guān)系、差值服從或近似服從正態(tài)。
Weltch`t test,?也稱(chēng)為不等方差檢查，即當(dāng)兩組只滿(mǎn)足正態(tài)而不滿(mǎn)足方差齊度的要求時(shí)，可以選擇用這種方法對(duì)兩組進(jìn)行比較。
Wilcoxon rank sum test,也叫 Mann-Whitney U test（曼-惠特尼 U 檢查)，或 Wilcoxon-Mann-Whitney test。秩和檢驗(yàn)是一種假設(shè)檢驗(yàn)方法，一般用于兩組不符合正態(tài)性的情況。
Wilcoxon signed rank test：對(duì)配對(duì)類(lèi)型的非參數(shù)檢驗(yàn)方法采用符號(hào)秩和檢驗(yàn)，對(duì)配對(duì)樣本不滿(mǎn)意T 檢驗(yàn)研究不符合正態(tài)性！
應(yīng)用場(chǎng)景
非匹配樣本是基于云數(shù)據(jù)表達(dá)差異圖的云版本。選擇云輸入 1 或多個(gè)分子，完成非匹配樣本的分組比較?？梢暬?lèi)型包括常見(jiàn)的 點(diǎn)圖、箱圖、柱圖、小提琴圖等。
配對(duì)圖可以分析和可視化配對(duì)類(lèi)型的數(shù)據(jù)，同時(shí)顯示同一配對(duì)組多個(gè)分子的表達(dá)！
主要結(jié)果
非配對(duì)圖
柱狀圖：常見(jiàn)的分組比較圖之一，柱狀圖的高度一般代表每組的平均值，并附有誤差線，表示組中的變化程度。（左邊是二維分組比較，右邊是一維分組比較）。
箱式圖：常見(jiàn)的分組比較圖之一常見(jiàn)的分組比較圖之一中位數(shù)，盒子上下代表上四分位(75 百分位數(shù))和下四分位(25 百分位數(shù))。
一般來(lái)說(shuō)，如果分組中沒(méi)有離群值，如果箱子的上下線(Q1-1.5*IQR or Q3 1.5*IQR,下四分位-1.5 倍四分位距)，線的最遠(yuǎn)位置為最小值或最大值。
盒子上下點(diǎn)代表離群值的點(diǎn)。(左側(cè)為二維分組比較，右側(cè)為一維分組比較)
點(diǎn)圖：表示組中所有值點(diǎn)的位置，并添加誤差線來(lái)表示組中的變化。點(diǎn)圖可以直接看到組中各種樣本的組。（左邊是二維組比較，右邊是一維組比較）。
小提琴圖：形狀與小提琴相似。在同一水平線上分布的樣品越多，樣品就越寬，否則就越窄。小提琴圖可以有效地顯示分組中樣品的分布。（左邊是二維分組比較，右邊是一維分組比較）。
配對(duì)圖
左側(cè)為配對(duì)樣本 1 指標(biāo)，右側(cè)為配對(duì)樣本多指標(biāo)
每個(gè)連接代表一個(gè)配對(duì)樣本
一般線的趨勢(shì)方向越一致，越傾斜，兩組的差異就越明顯。如果線的趨勢(shì)不明顯，則可以通過(guò)添加箱圖來(lái)添加整體中位數(shù)，這可能會(huì)更直觀地顯示兩組之間的差異。具體情況需要檢查統(tǒng)計(jì)描述和統(tǒng)計(jì)檢查結(jié)果。
最多一張圖 10 分子，更多分子建議分成兩張圖！
以上是表達(dá)差異圖的背景介紹。如果想進(jìn)一步掌握表達(dá)差異的相關(guān)內(nèi)容，也可以登錄解螺旋官網(wǎng)深入學(xué)習(xí)探索！
實(shí)戰(zhàn)演練
讓我們來(lái)看看2021年6月發(fā)表的一篇文章。Frontiers in Genetics”（IF= 4.06）雜志上的一篇文章。Upregulation of LIMK1 Is Correlated With Poor Prognosis and Immune Infiltrates in Lung Adenocarcinoma”。
期刊簡(jiǎn)介
使用工具
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圖形復(fù)現(xiàn)? ??
非配對(duì)圖
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表達(dá)差異(挑)→ (云非配對(duì)樣本)→【組合圖】→ 輸入分子LIMK1
?點(diǎn)擊確認(rèn)：
保存結(jié)果：
配對(duì)圖
?復(fù)現(xiàn)過(guò)程?表達(dá)差異(挑)→ (云配對(duì)樣本)→輸入分子LIMK1
保存結(jié)果：
好了，這里介紹一下本期表達(dá)差異圖的相關(guān)內(nèi)容，希望對(duì)大家的科研工作有所幫助。我是小洋。~
小洋單圖復(fù)制系列傳送門(mén)
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